Die Geschichte Japans, insbesondere die Vorgeschichte birgt das Problem in sich, dass die japanische Geschichtsforschung aus Ehrfurcht vor den Ahnen erst zu einem späteren Zeitpunkt als z.B. in der westlichen Hemisphäre begonnen wurde.
Die ersten Erwähnungen findet Japan in historischen Quellen aus China aus dem ersten Jahrhundert nach Christi Geburt.
Die Besiedlung der japanischen Inseln fand schätzungsweise bereits im Paläolithikum 100.000 – 30.000 v.Ch.) statt. Die Besiedlung erfolgte anfangs vermutlicherweise über eine Landbrücke zwischen Sibirien und dem heutige Hokkaido. Ein zweite Einwanderungswelle erfolgte eventuell über eine Landbrücke, welche zwischen den japanischen Inseln und dem koreanischen Festland bestand. Zuletzt wird von einer dritten Einwanderung über den Seeweg aus Südostasien ausgegangen.
Zuverlässige Rückschlüsse auf die Abstammung der Japaner sind derzeit aber nicht gegeben.
Grundsätzlich kann man sagen, dass die japanische Geschichte durch ein Wechselspiel von externen Einflüssen und vollständiger Isolation geprägt ist. Auf der einen Seite wurde durch die geographische Lage und politisch bedingte Abschließung des Landes eine interne einzigartige Entwicklung bedingt. Auf der anderen Seite jedoch unterlag Japan starken Einflüssen von Außen durch die reiche Kultur Chinas und später auch durch westliche Mächte.
Durch den chinesischen Einfluss auf die japanische Kultur wurden Schrift, Sprache und die gesellschaftliche Ethik mit Wirkung bis in die Gegenwart entscheidend beeinflusst. Durch die aktive Einflussnahme westlicher Mächte im Südostasiatischen Raum war Japan gezwungen, sich zu öffnen und an der stattfindenden Modernisierung teilzunehmen. In kurzer Zeit wurde Japan hierauf eine modernisierte Nation mit dem zeitgemäßen Bedürfnis, seinen Einflussbereich auszuweiten. Dieses Bestreben endete mit der Niederlage im Zweiten Weltkrieg und der sechs Jahre lange währenden Besatzungszeit durch die Vereinigten Staaten. Mittlerweile ist Japan ein moderner Staat, welcher seine traditionsreiche Geschichte pflegt.
Die derzeit gebräuchliche Periodisierung der japanischen Geschichte gliedert sich in Vorgeschichte – Frühgeschichte  – Japanisches Altertum –  Japanisches Mittelalter –  Edo Zeit und die Moderne.